本学では、学部卒業者の大半が大学院修士課程に進学します。大学院修士課程修了者のうち、10%程度が博士後期課程に進学しています。実務訓練や実験・実習を主体として自らものを創り出す能力を有する指導的技術者を養成していることから、産業界からは高く評価されています。経済情勢に左右されず、就職率は開学以来高い水準を維持しており、平成27年度300大学就職率ランキングでは、No.1になっています（＊東洋経済オンライン「就職率が高い大学（卒業・修了者数441人以上）ランキング
TOP300」より）。
| 2019年（進学者数） | 2020年（進学者数） | 2021年（進学者数） | 2022年（進学者数） | |
|---|---|---|---|---|
| 学部卒業者 | 49（46） | 54（47） | 56 (49) | 49（38） |
| 修士修了者 | 40（1） | 36（0） | 40（4） | 41（3） |
| 就職率 | 100％ | 95.2％ | 100％ | 100％ |
生物機能工学専攻修了者は、幅広い分野に就職しています。特に、食品や化学、医療機器や精密機器、そして情報通信関連に多くの学生が就職しています。高専での専門に加え、生物機能工学専攻で細胞生物学、遺伝子工学、酵素工学、生物材料など専門性の高い教育を受け、日々の研究で物質合成・生体物質や細胞・実験動物を扱い、その測定を行うことにより、測定機器と測定する物質・生物の両方を熟知しているため、多くの分野で必要とされています。
本学では、学部3年生、修士1年生の3月になると本格的に就職活動に入ります。本学では、この就職活動をどんなふうに始めればいいのか？どんな準備が必要なのか？そんな基本的な疑問を解決するために、５月からしっかり準備して就職活動ができるよう「就職ガイダンス」、希望者全員に「模擬面接」の実施等を行っています。さらに、全国から570社程度が6日間に渡り参加する合同企業説明会を学内で開催しています。また、求人票閲覧システムにて、本学へ寄せられた求人情報もウェブ上で随時チェックできます。
生物機能工学課程・専攻では、就職支援専門の職員がきめの細かい対応をすると共に、専攻独自の「バイオエンジニアのキャリアパス」という集中講義を開設し、エンジニアとして社会で活躍するための技能・マナーを学ぶと共に、就職活動に有益な自己分析や PR の方法を身につける指導をしています。本コースでは、株式会社広報しえんから専門の講師を大学に招聘し、就職活動を始める前の10～12月にかけて1回3時間の講座を計5回実施しています。
最近の就職先（順不同）
2022年
東陽理化学研究所、原子力エンジニアリング、農林水産省 水産庁、ＡDVANTECグループ（東洋濾紙）、陽進堂、ジーシー、ナカボーテック、フタムラ化学、NBCメッシュテック、協栄プリント技研、情報処理推進機構 (IPA)、
アイ・メデックス、NECプラットフォームズ、扶桑薬品工業、重松製作所、第一三共ケミカルファーマ、メガチップス、陽進堂ホールディングス、クラシエ製薬、ウルシステムズ、東京電機産業、日本コムシス、大気社、アース製薬、
コクヨ、日本血液製剤機構、日揮ユニバーサル、タケショー、LSIメディエンス、ニチイケアパレス、NTTテクノクロス、明星工業、東レエンジニアリング、太陽工機、NSS、アーネストワン、クアーズテック、県央研究所、
鉄道建設運輸施設整備支援機構、町議会議員、個人事業主
2021年
富士システムズ、 川重冷熱工業、長岡市商工部産業立地課雇用促進係地域おこし協力隊、富士フイルムビジネスイノベーションジャパン、北栄建設、共和化工、東洋紡、高砂熱学工業、マルハニチロ、高砂熱学工業、大王製紙、
NRIシステムテクノ、KMバイオロジクス、インターファーム、ホクレン肥料、オムロンヘルスケア、三和研磨工業、金秀アルミ工業、中外製薬工業、セントラル、デンカ、ＪＡＥＡ、ライオン、武州製薬、Wiley、検査開発、ＮＢＣメッシュテック、
ダイオーペーパープロダクツ、長坂養蜂場、ニプロファーマ、ナカボーテック、三井食品、新日本電工、イーエヌ大塚製薬、アドテックエンジニアリング、田中貴金属、八十二ｼｽﾃﾑ開発、三益半導体工業、たけのやファーム、沖縄県警察、
ゴールドパック、エンバイオ・エンジニアリング
2020年
ナカボーテック、綜合警備保障、和信化学工業、三幸製菓、日本製紙、ニプロファーマ、ちとせ研究所、東芝プラントシステム、ミヤザワ、ＷＤＢエウレカ社、トーアエイヨー、三井情報、クラシエホームプロダクツ、ちふれホールディングス、
野洲メディカルイメージングテクノロジ、米沢浜理薬品工業、三菱自動車工業、荏原実業、キミカ、日本原燃、モリタン、クアーズテック、日立化成、ワタナベプラン、セッツカートン、生化学工業、アスパーク、水ｉｎｇ、エステム、中央化学、興研、スタッフサービスエンジニアリング事業本部、那波商店、マニー、協和エクシオ
2019年
WDBエウレカ社、アイシン軽金属、アジレント・テクノロジー、オリエンタル酵母工業、コスモエンジニアリング、シーケー金属、 ニプロファーマ、ラサ工業、レンゴー、EP
メディエイト、PFU、うぃるこ、シード、タケショー、ナカボーテック、ブルボン、一芯、 日立ハイテクサイエンス、神戸工業試験場、陽進堂、上越スターチ、北陸電気工業、吉野石膏、呉市（土木一般）、帝人、日本メジフィジックス、
日本製紙、日本電子、日清食品、旭ダイヤモンド工業、明星工業、東洋合成工業、東洋濾紙、東罐興業、横浜ゴム、王子マネジメントオフィス（王子ホールディングス）、長岡市、日本品質保証機構