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トランスクリプトーム
DNAマイクロアレイ
DNAマイクロアレイとは生物の細胞中でどの様な遺伝子がどれくらい発現しているか（定性的、定量的）を調べる手法です。リアルタイムPCRと似ていますが、DNAマイクロアレイでは、多くの遺伝子の解析をハイスループットに行うことができます。さらに、トリコデルマ・リーセイの場合、ゲノム配列が決定されているため、セルラーゼ遺伝子を始めとする全遺伝子を対象として発現解析を行うことができます。
培養中のトリコデルマ・リーセイから、発現している遺伝子（mRNA）を抽出し、蛍光色素で標識します。その標識した遺伝子を対象遺伝子のプローブと結合させ、励起光を照射し、蛍光を検出して各遺伝子の発現量を解析します。たくさん発現している遺伝子はたくさんのプローブと結合するので、蛍光が強くなり、少ない発現量の遺伝子の蛍光は弱くなります。また、標識に使う蛍光色素の種類を増やすことにより、下図のように遺伝子がどちらの条件で多く発現しているかなどを調べる比較解析もできます。
次世代シーケンサー（Oligo-capping法）
Oigo-capping法はリアルタイムPCRやマイクロアレイ法と同様に遺伝子の発現量を定量する手法です。
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